Fue una patriota ecuatoriana, reconocida como compañera sentimental de Simón Bolívar, y probada participante con su opinión y actos en la Independencia de América del Sur, reconocida por Bolívar como “La Libertadora del Libertador”.
Nace en Quito, Ecuador. Sus padres fueron Simón Sáenz Vergara, y María Joaquina Aizpuru. Sus primeros años de infancia en Quito, donde desde temprano presencio sentir los ideales de los movimientos de la independencia, organizando grupos revolucionarios.
Manuela y su madre se identificaron con la gesta emancipadora, su padre quien permaneció fiel a la Corona española, fue hecho preso pero recuperó su libertad en 1810.
Por su participación en la revuelta de independencia, Manuela fue internada en el convento de Santa Catalina, ahí invirtió su tiempo e su formación personal aprendió a leer, escribir y rezar.
En 1817, se desposo con Jaime Thorne, un adinerado comerciante inglés de edad avanzada, con el viviría en Lima, Perú entre los años 1819 y 1820.
En 1819, Simón Bolívar logra su triunfo en la liberación de la Nueva Granada, su éxito gana para la causa entusiasmados seguidores entre ellos Manuela Sáenz, quien, en 1820, con su actitud audaz y aguerrida participa activamente en la conspiración contra el virrey del Perú, José de la Serna e Hinojosa. Quien declara la independencia del Perú en 1821.
Se le reconoce su participación en la causa de independencia en 1822 con la condecoración llamada «Caballeresa del Sol», una banda blanca y encarnada con una pequeña borla de oro y una medalla cuya inscripción decía «Al patriotismo de las más sensibles».
Separada de su marido Thorne, en 1822, viaja a Quito su tierra natal, acompañada por padre para visitar a su madre, en este regreso conocerá a Bolívar, quien haría su entrada triunfal en la ciudad el 16 de junio de 1822.
Un estrecho vínculo se apoderaría de la pareja, sus conversaciones, coincidencias, pasión por la política, la lucha y la independencia sellarían la admiración mutua.
Ella no es solo una idealista, toma parte activa en la guerra, monta a caballo, maneja las armas, es capaz de sofocar un motín en la plaza de Quito.
En 1823, Bolívar va al Perú, ella le seguiría más tarde sus cartas en estos tiempo, reflejan el amor que el libertador le profesaba, sus expresiones son muestra de su sentir «Mi bella y buena Manuela: Cada momento estoy pensando en ti y en el destino que te ha tocado. Yo veo que nada en el mundo puede unirnos bajo los auspicios de la inocencia y el honor. Lo veo bien, y gimo de tan horrible situación por ti; ¿por qué te debes reconciliar con quien no amabas?; y yo… ¿porque debo separarme de quien idolatro?.
Sí, te idolatro hoy más que nunca jamás. Al arrancarme de tu amor y de tu posesión se me ha multiplicado el sentimiento de todos los encantos de tu alma y de tu corazón divino, de ese corazón sin modelo».
Entre los primeros meses de 1825, hasta abril, y a partir de febrero de 1826, reside con él en el palacio de la Magdalena, cerca de Lima.
En 1826, Bolívar sale del Perú, Manuela permanece en Lima donde persiste en la defensa del Libertador, en enero de 1827 es apresada por los adversarios de Bolívar y enviada al destierro, va a Quito y luego a Bogotá en 1828. Bolívar la llama a su lado y viven en la Quinta de Bolívar.
En 1828, Pedro Carujo y otros, atentan fallidamente el asesinato de Bolívar, salvado gracias a la rapidez con que Manuela le hizo huir por una ventana del Palacio de Gobierno, desde ese entonces la llamarían la Libertadora del Libertador, calificativo que le dio el propio Bolívar.
En 1830, en Guadas, Colombia se entera de la muerte de Bolívar, va a Bogotá de inmediato donde manifiesta públicamente su adhesión a los ideales del Libertador. Perseguida por el gobierno que sucedió en abril de 1831 al general Rafael Urdaneta en Bogotá, finalmente es expulsada por tildada de conspiradora.
Expulsada de su país y confiscados sus bienes, se instala en Paita, norte del Perú, donde por necesidad económica abre un comercio relacionado con la producción de tabacos. En 1847 su marido es asesinado en Pativilca.
Durante su vida, fue visitada en el puerto de Paita por personajes tales como Herman Melville (autor de Moby Dick), Simón Rodríguez y Giuseppe Garibaldi (patriota italiano).
En 1856, contrae difteria, enfermedad que acaba con su vida; su cadáver fue incinerado a fin de evitar contagio en la población, lo mismo que sus pertenencias, entre ellas gran parte de la correspondencia de Bolívar para ella, que guardaba celosamente.
En agosto de 1988, fue localizado el lugar donde se encontraban los restos de Manuela Sáenz en el cementerio de aquella población. La identificación fue posible gracias a que se encontró la réplica de la cruz que siempre portaba la cual la identificaba como la compañera del Libertador.