Nacido en Wismar (ahora parte de Alemania) en 1848, como hijo de un profesor, ingresó en la Universidad de Jena en 1869.
Dos años después fue a la Universidad de Gotinga para completar sus estudios de matemáticas, física, química y filosofía. Se desempeñó como profesor de matemáticas hasta su muerte en 1925.
En 1879, publicó “Escritura conceptual”, explicando la naturaleza a la lógica matemática moderna, creando una forma de expresión de la matemáticas (sintaxis) totalmente nueva en la que destaca la inclusión de los llamados cuantificadores (símbolos) que representaban las expresiones “para todo” y “para algún caso de”.
Fue la primera persona en separar la caracterización formal de las leyes lógicas de su contenido semántico. Elaboró además una sistema filosófico con un lenguaje que influyo sobre la filosofía analítica, con distinciones como la de «sentido» y «referencia».
Estableció el axioma como uno de los principios de la lógica, su obra Los fundamentos de la aritmética apareció en 1884. El trabajo de Frege paso desapercibido para la mayoría de sus contemporáneos. Excepto en otros filósofos interesados en los fundamentos de la matemática como Russell o Peano.
En 1893, publico Las leyes básicas de la aritmética, en el que presentó un riguroso desarrollo de los principios de esta disciplina.
En 1902, justo antes de comenzar la impresión de su nuevo libro, recibió una carta de Russell en la que le advertía sobre una grave inconsistencia en su sistema lógico, que hoy se conoce como la paradoja de Russell. Frege introdujo a toda prisa una modificación en uno de sus axiomas, de la que dejó constancia en un apéndice de la obra.
Nunca más escribiría y su obra permanecería bajo la indiferencia del gremio de su época, tras la muerte de su esposa se apartó del mundo en su residencia de Bad Kleinen y murió en el anonimato.